Grænsekontrol
Skagen Havn er EU-godkendt som grænsekontrolpunkt(Border Inspection Point – BIP) for import af frossen fisk og skaldyr samt fiskeolie fra 3. lande.
Sammen med FF Skagen er havnen opført som inspektionspunkt for fiskeolie fra 3. lande og tilbyder lagerfaciliteter til opbevaring og kontrol af sådanne produkter.
Grænsekontrolstationen, med tilhørende kontorfaciliteter og fryselagre, er beliggende ved Østbassin 2. Den korte afstand fra kajkanten til grænsekontrollen og fryselagret gør, at der er optimale forhold for losning af fabrikstrawlere og køleskibe også med stor dybgang.